JP250 由 DUNLOP 贊助 決賽最佳圈速順序
日期：2016-09-18 天氣：雨 賽道：濕滑 鈴鹿賽車場東賽道 2.243公里
| 名次 | 號 | Cls. | 騎士 | 類型 | 團隊 | 時間 | 延遲 | 間隙 | 圈 | |
| 1 | 13 | NAT | 1 | 藤村 太磯 | 川崎Ninja250 | TRICK STAR Racing | 1'03.676 | 126.81公里/小時 | 4/11 | |
| 2 | 31 | NAT | 2 | 中澤 皓平 | 本田CBR300R | UNLABEL 團隊 ALTEC YS精機 | 1'03.894 | 0.218 | 0.218 | 5/11 |
| 3 | 17 | NAT | 3 | 井手 翔太 | 雅馬哈YZF-R25 | HITMAN RC 甲子園 YAMAHA | 1'04.144 | 0.468 | 0.250 | 3/5 |
| 4 | 19 | NAT | 4 | 久保 直諒 | 雅馬哈YZF-R25 | 鈦合金動力&黑田屋 | 1'04.192 | 0.516 | 0.048 | 3/11 |
| 5 | 2 | 國際賽道 | 1 | 安田 毅史 | 雅馬哈YZF-R25 | TEAM AGRAS | 1'04.420 | 0.744 | 0.228 | 4/11 |
| 6 | 71 | NAT | 5 | 山本 晃久 | 川崎Ninja250 | MOTO☆STAR#71 | 1'05.330 | 1.654 | 0.910 | 5/11 |
| 7 | 63 | NAT | 6 | 藤田 武蔵 | 本田CBR300R | MOTO 尋找賽車 | 1'05.862 | 2.186 | 0.532 | 5/6 |
| 8 | 83 | NAT | 7 | 森田 宏祐 | 川崎Ninja250R | MOTO 尋找賽車 | 1'06.159 | 2.483 | 0.297 | 4/4 |
| 9 | 89 | NAT | 8 | 武內 國光 | 川崎Ninja250R | 小翅膀隊 | 1'06.316 | 2.640 | 0.157 | 2/11 |
| 10 | 43 | NAT | 9 | 川原 美智代 | 川崎Ninja250R | MoToholic: 粉撲R、廣島高潤、TelaDesign | 1'06.347 | 2.671 | 0.031 | 11/11 |
| 11 | 81 | NAT | 10 | 中原 美海 | 雅馬哈YZF-R25 | webike團隊諾里克雅馬哈 | 1'06.374 | 2.698 | 0.027 | 4/11 |
| 12 | 82 | NAT | 11 | 紀典和 | 川崎Ninja250R | MOTO 尋找賽車 | 1'06.582 | 2.906 | 0.208 | 11/11 |
| 13 | 36 | 國際賽道 | 2 | 安冨 成士 | 本田CBR300R | 3601MotorSports+武士工廠 | 1'06.619 | 2.943 | 0.037 | 3/11 |
| 14 | 33 | NAT | 12 | 笹之內 英作 | 川崎Ninja250 | 快速與NOJIMAjapan | 1'06.757 | 3.081 | 0.138 | 2/11 |
| 15 | 44 | NAT | 13 | 薦田 豊 | 雅馬哈YZF-R25 | UNLABEL 團隊 ALTEC ASH | 1'07.083 | 3.407 | 0.326 | 4/11 |
| 16 | 73 | NAT | 14 | 杉島 潤 | 雅馬哈YZF-R25 | 瓦爾基里&OS設計&葛城運輸 | 1'07.248 | 3.572 | 0.165 | 4/11 |
| 17 | 29 | NAT | 15 | 中村 和悦 | 雅馬哈YZF-R25 | 跑道邊緣 | 1'07.262 | 3.586 | 0.014 | 11/11 |
| 18 | 84 | NAT | 16 | 中田 暢大 | 雅馬哈YZF-R25 | 企業賽車隊 | 1'07.318 | 3.642 | 0.056 | 11/11 |
| 19 | 117 | NAT | 17 | 曲谷 洋介 | 川崎Ninja250R | AZ Racing + NARIDEN + NCK | 1'07.452 | 3.776 | 0.134 | 4/11 |
| 20 | 70 | NAT | 18 | 森田 弘孝 | 雅馬哈YZF-R25 | RT全傾YSP豐橋南 | 1'07.497 | 3.821 | 0.045 | 3/11 |
| 21 | 9 | NAT | 19 | 田中 志門 | 雅馬哈YZF-R25 | icu RT 大阪梅比斯 Navel Rose 摩托小孩 | 1'07.506 | 3.830 | 0.009 | 4/11 |
| 22 | 88 | NAT | 20 | 立秋 幸治 | 雅馬哈YZF-R25 | 立秋摩托車&RC甲子園 雅馬哈 | 1'07.570 | 3.894 | 0.064 | 3/11 |
| 23 | 41 | NAT | 21 | 鶴野 浩 | 雅馬哈YZF-R25 | 速度心 TTS 賽車隊 | 1'07.624 | 3.948 | 0.054 | 2/11 |
| 24 | 22 | NAT | 22 | 友岡 瑞帆 | 雅馬哈YZF-R25 | 磐田賽車主題商店 | 1'07.648 | 3.972 | 0.024 | 3/11 |
| 25 | 58 | NAT | 23 | 小林 康成 | 雅馬哈YZF-R25 | 企業賽車隊 | 1'07.671 | 3.995 | 0.023 | 3/11 |
| 26 | 11 | NAT | 24 | 澤田 浩一郎 | 雅馬哈YZF-R25 | 磐田賽車主題商店 | 1'07.848 | 4.172 | 0.177 | 3/11 |
| 27 | 99 | NAT | 25 | 下谷 邦夫 | 川崎Ninja250R | 惡玉mini俱樂部 | 1'07.965 | 4.289 | 0.117 | 4/11 |
| 28 | 15 | NAT | 26 | 高良 幸司 | 雅馬哈YZF-R25 | 磐田賽車主題商店 | 1'08.944 | 5.268 | 0.979 | 11/11 |
| 29 | 66 | NAT | 27 | 前田 義生 | 雅馬哈YZF-R25 | 自動服務印南+老爹們 | 1'09.283 | 5.607 | 0.339 | 4/11 |
| 30 | 25 | NAT | 28 | 山下 浩司 | 雅馬哈YZF-R25 | 摩托賽車 | 1'09.329 | 5.653 | 0.046 | 4/11 |
| 31 | 5 | NAT | 29 | 辻尾 裕司 | 雅馬哈YZF-R25 | 立秋摩托車&團隊獵頭 | 1'10.283 | 6.607 | 0.954 | 3/10 |
| 32 | 38 | NAT | 30 | 大場 啓晴 | 雅馬哈YZF-R25 | YSP濱松&遠州屋 | 1'10.832 | 7.156 | 0.549 | 2/2 |
| 33 | 16 | NAT | 31 | 亞歷克斯 蜂須賀 | 雅馬哈YZF-R25 | 杉本工業車輛部 | 1'13.922 | 10.246 | 3.090 | 3/10 |
